Am găsit mai multe soluții pe internet pentru acest bonfire și cred că sunt mult mai bune decât cea găsită de mine însă am vrut să testez și altceva și să mă joc puțin cu Javascript.

Probabil nu e cea mai elegantă și/sau dinamică soluție:

function pair(str) {
var strArr = str.split('');
var pairs = [['A', 'T'], ['C', 'G']];
var arr = [];

strArr.forEach(function(el, id){
for ( var i = 0; i < pairs.length; i += 1 ) {
var elem = pairs[i].indexOf(el);
if ( elem === 0 ) {
arr.push([el, pairs[i][1]]);
}
if ( elem === 1 ) {
arr.push([el, pairs[i][0]]);
}
}
});

return arr;
}

pair("GCG");